有机融合是势所必然。促进创新创业教育与专业教育有机融合，适应经济社会发展需要，符合人才培养规律，也体现了大学的重要功能。首先，从经济社会发展角度看，二者有机融合可以实现创新创业知识与专业知识耦合联动，形成以专业知识进行创新创业的局面，使专业知识更加直接高效地融入社会生产实践，转化为经济社会发展动力。其次，从人才培养角度看，二者有机融合有利于大学生全面发展，特别是树立创新精神、积累人力资本。在创新创业教育中开设跨学科专业的交叉课程，强化创新创业实践，有利于人才培养由学科专业单一型向多学科融合型转变，有利于提高大学生的实践能力。最后，从大学功能角度看，二者有机融合是大学服务社会功能的集中体现，有利于推动学术知识走向市场和社会，将学术知识的生产、传播、应用与经济社会发展融为一体。
有机融合需要实现不同要素耦合协同。创新创业教育与专业教育在教育目的和人才培养模式上都存在明显差异，将二者有机融合需要注意不同要素的耦合协同，避免排异风险。一方面，应坚持尊重差异原则。高校专业一般分为人文科学专业、社会科学专业、自然科学专业，创新创业教育应紧密结合不同专业的特点探索教育模式和路径。只有尊重差异，才能增强包容性，满足学生多元化创新创业教育需求。另一方面，应坚持需求导向原则。社会和国家的需求是高校办学的重要依据，也是创新创业教育与专业教育有机融合的重要依据。只有坚持需求导向，着眼于在关键领域培养大量高素质创新创业人才，才能更好实现创新创业教育与专业教育的不同要素有机融合。总之，有机融合的核心内涵是指创新创业教育与专业教育要各展所长、相辅相成，以整体目标去调适各要素之间的关系，从而获得最佳育人效果。
有机融合需要明确实践路径。创新创业教育与专业教育有机融合是一项系统的教育改革工程，让二者共同服务于学生成才和社会发展，需要明确实践路径。一是明确培养目标。促进创新创业教育目标与专业教育目标的整合和优化，确立复合型培养目标。只有培养目标明确，才能将创新创业教育的理念、内容有机融入专业教育，形成创新创业教育与专业教育一体化的人才培养机制。二是创新课程体系。创新创业知识与专业知识的耦合联动需要依托系统化的课程设计，使课程体系彰显创新创业内涵和专业特色。实践中，既要完善通识性、面向全体学生的基础类创新创业课程体系，又要完善体现专业特色的创新创业课程体系。高校各院系应根据自身学科知识特点，组织专家团队开发相应课程。三是改进教学方式。优化理论教学与实践教学的关系，把传统专业教育实习平台与创新创业教育实训平台有机统一起来。四是建设融合型师资队伍。在优化岗位设置、设立创新创业教育专门教职岗位的基础上，坚持“走出去”与“引进来”相结合，推动专业教师参与创新创业实践。同时，吸引具有专业知识背景的创业成功人士走进课堂、担任兼职教师。五是加强外部支持。政府应加强政策引导、物质支持，统筹多元主体形成合力，鼓励和引导企业参与创新创业教育。企业应积极参与高校创新创业教育，提供实践平台和相关资源。
