首先，从两种原产地证书的签发依据来看。《亚太贸易协定原产地证》是根据《亚太贸易协定》而签发的原产地证书，《亚太贸易协定》的前身为《曼谷协定》，中国于2000年4月加入该协定，这是中国加入的第一个具有实质性优惠安排的区域贸易协议，在中国关税史上具有重要地位，2005年11月《曼谷协定》正式更名为《亚太贸易协定》。该协定涵盖韩国、印度、斯里兰卡、孟加拉国、老挝、和中国，在《中韩自贸协定》正式生效以前，《亚太贸易协定原产地证》一直是企业出口韩国申办原产地证书的首选。《中韩自贸区原产地证》是根据《中韩自贸协定》而签发的原产地证书，中韩自贸区谈判于2012年5月启动，是中国对外商谈的覆盖领域最广、涉及国别贸易额最大的自贸区。2015年12月20日，《中韩自贸协定》正式生效，同时正式签发原产地证。
第二，从原产地规则来看。不论申何种优惠原产地证书，符合其原产地规则是最核心的要求，原产地规则一般包括原产地标准、直运规则和书面证明要求，其中最重要的就是原产地标准。《亚太贸易协定》的原产标准包括“完全获得标准”、“非完全获得标准”以及“累积标准”三个方面，其中“完全获得标准”在协议中具体列举了十一种情况；“非完全获得标准”主要采用“增值百分比标准”和“产品特定标准”。在原产地规则方面，参加国还一致同意对所有《亚太贸易协定》签字国适用50%的增值标准，对最不发达国家适用40%的增值标准。《中韩自贸协定》中对原产货物的判定标准主要包括三大类：第一类是一方完全获得的货物；第二类是全部使用原产材料生产的货物；第三类是使用进口非原产材料在一方经过实质性加工的货物。对于第三类情况，产品特定原产地规则清单对全税则所有5205个6位子目逐一制定原产地标准，包括“税则归类改变标准”“增值百分比标准”“特定货物处理”等。相比于《亚太贸易协定》的“非完全获得标准”，《中韩自贸协定》判定方法更为丰富，企业获得原产货物的概率大为增加。
第三，从优惠产品覆盖面来看。《亚太贸易协定》的关税优惠的清单合计涉及4000多个税目产品。各国提供优惠关税的产品数目分别为：中国1697个8位税目，印度570个6位税目，韩国1367个10位税目，斯里兰卡427个6位税目，孟加拉国209个8位税目。主要产品包括农产品、纺织品和化工产品等。《中韩自贸协定》的关税优惠清单涉及中国91%的产品，覆盖自韩国进口额的85%，韩国92%的产品，覆盖自中国进口额的91%，其中企业比较关注的制造业方面，中方关税优惠产品为“税目97%，进口额85%”，韩方关税优惠产品将达到“税目97%，进口额94%”。
第四，从关税减让幅度来看。目前《亚太贸易协定》的关税减让结果是根据2006年9月1日起实施的第三轮谈判的结果，平均协定税率为8.9%，相对于最惠国税率，平均优惠幅度为23.3%。其中韩国的优惠产品清单共包括1367个10位HS税目，其优惠幅度为10％～50％之间，产品包括茶叶、椰子、化工品、有机染料、粘合剂、木制品、纸制品、部分橡胶制品和纺织纤维、金属工具、部分皮革制品、女式服装、部分机械产品和玩具等。根据《中韩自贸协定》，中国最终将有91%的产品对韩国取消关税，韩国最终将有92%的产品对中国取消关税，但实现这一最终目标需要长达20年的过渡期。根据中韩关税减让时间表，2016年1月1日，中方实施零关税的税目数比例为20%，主要包括部分电子产品、化工产品、矿产品等；韩方实施零关税的税目数比例为50%，主要包括部分机电产品、钢铁制品、化工产品等。直到2025年，韩国仍有21%的产品未实现零关税，而最迟到2035年，韩国92%的产品才会对中国实现零关税。
众所周知，目前发展中国家的关税水平较高，所以在签订的优惠贸易协定中明确规定并实施的优惠就是关税的减免，这也是进出口商可以看到并直接享受的优惠待遇。从目前的状况而言，中韩自贸协定的降税安排存在一个较长的过渡期，包括农水矿产品、纺织服装、木材及木制品、汽车等类别中的绝大多数产品，在2年至8年后才适合申请《中韩自贸区原产地证》，当前依然有500多个编码的产品申领《亚太贸易协定原产地证》更为优惠。当然针对具体产品，企业还需看客户要求、原产地规则以及协定中产品降税清单和降税议程，来申请最适合自身的优惠原产地证，提高对优惠的利用率，方能把握时机，抢占商机。
